Klasik arkeolog yetiştirmeyi amaçlayan Yüksek Lisans Programı, 2000-2001 yılında Klasik Arkeoloji Anabilim Dalında eğitim öğretime başlamıştır. Bölüm öğretim üyeleri, bölümün kurulduğu yıldan bu yana; eğitim faaliyetlerinin yanı sıra gerek akademik faaliyetler gerekse öğrencilerin staj yapması amacıyla farklı tarihlerde ülkemizin çeşitli yerlerinde kazı, yüzey ve müze araştırmaları yapmaktadır. Bölümümüz öğretim üyeleri Antalya’da Side ve Eskişehir’de Dorylaion (Şarhöyük) kazılarını yürütmektedir. Yine, 2003 yılında tamamlanan Eskişehir, Çavlum Bronz Çağı Nekropolü, 2009 yılında tamamlanan Antalya’da Patara Tiyatro ve Hurmalık Hamamı kazıları bölümümüz öğretim üyeleri tarafından yürütülmüştür. Bunun dışında yerli-yabancı diğer üniversite ve araştırma merkezleriyle ortaklaşa olarak bölüm öğretim üyeleri ve öğrencileri Arykanda, Aphrodisias, Çatalhöyük, Ephesos, Perge, Pessinus, Kelenderis, Kültepe, Limyra, Olympos, Tarsus, Teos, Tieum ve Zeugma gibi Türkiye’de yapılan önemli kazılarda da görev almaktadır. Bunun dışında, bölüm öğretim üyeleri tarafından Eskişehir Kanlıtaş Höyük ve civarı, Eskişehir ve Kütahya, Afyon illeri Frig Kaya Anıtları, Karahöyük (Midaion) gibi Bölgenin önemli arkeolojik alanlarında ve konularda yüzey araştırmaları yürütülmüştür. Antalya, Eskişehir, Isparta, Uşak ve Side Arkeoloji Müzelerinde numizmatik, cam ve metal eserler üzerine araştırmalar yapılmaktadır. Program Klasik Arkeoloji ile ilgili zorunlu dersler içermektedir. Bunun yanında öğrencilere yine bu alanla alakalı mesleki seçmeli dersler ve kendi tercihlerine göre seçmeli dersler sunulmaktadır.