Ortaçağ Tarihi Bilim Dalı 1993 yılında kurulan Tarih Bölümü bünyesinde yer bulmaktadır. Tarih Bilimi İlkçağlardan başlayarak toplumların siyasal, ekonomik, kültürel ve sosyal alanlardaki gelişimini mekân-zaman ilişkisi içerisinde ela alan bir bilimdir. Toplumların dünya uygarlığına katkılarını gün yüzüne çıkarıp bugüne ve geleceğe ışık tutmayı amaçlar. Ortaçağ Tarihi bilim dalının amacı ise Türklerin İslâmiyeti kabulü ile başlayan ve Selçukluların ortaya çıkışı ardından da Anadolu’nun Türkiye oluş süreci ile devam eden dönemi bilimsel çerçevede incelemek, araştırmaktır. Bu bağlamda Türk-İslâm tarihinin en kritik sürecini kapsayan söz konusu dönem Büyük Selçuklu Devletinin Kuruluşu, Türklerin (Oğuzların) Yakındoğu coğrafyasına gelişleri ile ortaya çıkan tarihi olayları, Haçlı Seferleri, Anadolu’nun Türkiye oluş süreci, Artuklular, Danişmendliler, gibi ilk dönem Türk Beyliklerinin kuruluşları, Türkiye Selçuklu Devleti, Moğollar ve Osmanlı Devleti’nin ortaya çıkmasına zemin hazırlayan olaylar silsilesi dönemin ana kaynaklarına dayanarak araştırılır. Böylece günün ve geleceğin sorunlarına çözüm üreterek yol gösterici olmayı, gelecek kuşaklarda milli bilinç oluşturmayı, vatan ve millet sevgisini güçlendirmeyi hedefler.