Anadolu Üniversitesi Arkeoloji Bölümü, 30 yılı aşkın bir süredir arkeoloji eğitimi vermektedir. Bugüne dek Anadolu Üniversitesi Arkeoloji Bölümü’nden mezun olan pek çok arkeolog, ülkemizin farklı üniversitelerinde ve müzelerinde bilim insanı ve uzman arkeolog olarak görev yapmaktadır. Anadolu Üniversitesi Arkeoloji Bölümü’nün kurulma aşamasında en büyük nedenlerden biri olan ve 1989 yılından bu yana kazılan, Eskişehir il merkezindeki Şarhöyük (Dorylaion) kazısı aynı birimde bölümümüz tarafından yürütülmektedir. Günümüze kadar alana ait Çavlum, Kanlıtaş Höyük, Çatalhöyük gibi döneminin önemli kazı ve yüzey araştırması projelerinden çıkan çeşitli malzeme gruplarının (seramik, taş eserler, kil eserler, kemik eserler, mimari parçalar, hammaddeler v.b.) bilim dünyasına kazandırılması, belirli bir metodolojik altyapı çerçevesinde mümkün olmaktadır. Neolitik dönemden başlayarak Anadolu’nun Kalkolitik ve Tunç Çağı kültürleri yanısıra Mezopotamya’nın Sümer, Assur, Babil, Hitit, Frig, Urartu gibi kadim kültürlerin arkeolojisinde uzmanlaşmış arkeolog ve bilim insanı yetiştirebilmek için, tüm dünyada örnekleri bilindiği üzere, Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi üzerine farklı bir uzmanlaşma eğitimi verilmesi kaçınılmazdır. Ülkemiz ve dünya arkeolojisi açısından çok önemli iki kazıya ev sahipliği yapan Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi ABD, gerçekleştirdiği projeler ve yayınlarla alanında uzmanlaşmış ve yeterliliğe sahip arkeologların yetiştirilmesi için çeşitli laboratuvarlar, kazı evleri gibi tam teşekküllü altyapıya sahiptir. Açılması planlanan yüksek lisans programının hedefi arkeolojik araştırmalar için gerekli niteliklere sahip, ulusal ve uluslararası kaynakları etkin bir şekilde kullanabilen, Anadolu ve Mezopotamya arkeolojisindeki gelişmeleri takip eden ve kendisini geliştirmeyi amaç edinmiş öğrenciler yetiştirmek ve sonraki aşamada akademik çalışmalar içerisinde yer almalarını sağlamaktır.