Doktora programı, ders alımı ve araştırmayı gerektirmektedir. Derslerin bitiminde öğrenci, yeterlilik sınavına girmekle yükümlüdür. Öğrenci, bu sınavı geçtiği takdirde danışmanının önerileri doğrultusunda orijinal bir araştırma konusu bularak çalışmaya başlar ve tezini hazırlar. Öğrenciler tezlerini enstitüye sunduktan sonra beş kişilik jüri önünde çalışmalarını sözlü olarak savunmak durumundadır. Doktora programını tamamlamak için yüksek lisans dışında 4 yıl süre bulunmaktadır. Farmakoloji Anabilim Dalı araştırma laboratuvarında bu tezçalışmaları için gerekli olan modern araştırma cihaz ve araçları bulunmaktadır. Anabilim dalındaki akademik kadronun üzerinde çalıştığı ve tecrübeli olduğu dolayısıyla doktora programına kayıt yaptıran öğrencilerin araştırma yapabilecekleri konuları şunlardır: Düz kas farmakolojisi, kardiovasküler farmakoloji, santral sinir sistemi farmakolojisi, davranış ve psikofarmakoloji, otonom sinir sistemi farmakolojisi, otakoitler, bradikinin ve diğer kininler, endokrin farmakoloji, deneysel diyabet ve komplikasyonları (PubMed Linki), hepatotoksisite ve antihepatotoksik bileşikler, sarı kantaron [St. John's Wort (Hypericum perforatum L.)] üzerinde farmakolojik çalışmalar, kanser ve antineoplastik bileşikler, yara iyileştirici aktivite, doğal kaynaklı ve sentetik bileşikler üzerinde farmakolojik taramalar ve etki çalışmaları, ağrı ve antinosiseptif etkili yeni bileşikler, antiinflamatuvar aktivite, antitrombotik aktivite.